Conforme a lo señalado en sus Estatutos, la Fundación Instituto Hipólito Unanue organiza concursos y otorga Premios de estímulo a labores de investigación y al ejercicio profesional de las Ciencias de la Salud. Es así como se entregan el Premio Medalla de Oro Hipólito Unanue, el Premio a la Mejor Edición Científica y el Premio a los Mejores Trabajos de Investigación.